Die Abteilung spätes Mittelalter/Neuzeit ist im Obergeschoß des Domkreuzganges untergebracht. Die um 1400 erbaute dreiflügelige Anlage mit ihren riesigen Spitzbogenfenstern erlaubt einen grandiosen Blick auf die Südseite und die Türme des Domes. Einstmals war hier die Dombibliothek untergebracht, die bis zu ihrer Zerstörung um 1800 als (regionales) achtes Weltwunder galt, wie die Inschrift über ihrem Eingang stolz verkündete. Heute sind hier insbesondere Meisterwerke der Spätgotik und des Barock zu sehen, darunter neben der triumphalen, sechs Meter hohen Kreuzigungsgruppe aus St. Ignaz der Sebastiansaltar des Meisters WB, das Drehtabernakel aus dem Altmünsterkloster oder aber der Gedenkstein für den hochmittelalterlichen Minnesänger Frauenlob von Ludwig Michael Schwanthaler.
- Kreuzgang-Obergeschoß mit Blick auf den Dom
